МИКОБИОТА КАК ЧАСТЬ МИКРОБИОТЫ: ОСОБЕННОСТИ МЕТОДОВ ИЗУЧЕНИЯ НА СОВРЕМЕННОМ ЭТАПЕ

DOI: https://doi.org/10.29296/25877313-2019-11-01
Скачать статью в PDF
Номер журнала: 
11
Год издания: 
2019

Н.С. Багирова д.м.н., вед. науч. сотрудник, микробиологическая лаборатория, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» МЗ РФ (Москва) E-mail: nbagirova@mail.ru Н.В. Дмитриева д.м.н., профессор, зав. микробиологической лабораторией, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» МЗ РФ (Москва) E-mail: prof.ndmitrieva@mail.ru И.Н. Петухова д.м.н., вед. науч. сотрудник, микробиологическая лаборатория, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» МЗ РФ (Москва) E-mail: irinapet@list.ru З.В. Григорьевская д.м.н., вед. науч. сотрудник, микробиологическая лаборатория, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» МЗ РФ (Москва) E-mail: izlatadoc@list.ru И.В. Терещенко мл. науч. сотрудник, микробиологическая лаборатория, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» МЗ РФ (Москва) E-mail: in.ter68@inbox.ru

Цель работы – обратить внимание исследователей, работающих в области изучения микробиоты/микробиома, на особенности планирования исследования. Важно применять наиболее современные методы получения биоматериала и методы их дальнейшего исследования. Стандартизация подобных исследований необходима для получения результатов, которые должны быть сопоставимы с прочими исследованиями в этой области. Корректное формирование дизайна будущего исследования определяет реперзентативность полученных результатов. Сегодня большинство исследований в основном сконцентрировано на изучении бактериального компонента кишечной микробиоты человека, при этом не учитывается ее грибковый компонент. Исследование кишечной микобиоты, которая относится к разнообразному множеству грибных видов, является относительно новой и быстро прогрессирующей областью изучения. Несмотря на вездесущность и численность грибов, населяющих кишечник человека, их совокупность на несколько порядков меньше, чем бактерий. Недавние исследования показали, что микобиота может быть тесно связана со здоровьем и болезнями. Грибковые сообщества не только изменяются при заболевании, но также играют роль в поддержании гомеостаза того или иного локуса тела человека, во влиянии на системный иммунитет. Кроме того, широко распространено мнение, что ассоциации грибов разных видов в организме хозяина, ассоциации бактерий и грибов имеют решающее значение для здоровья хозяина. Однако менее 0,4% литературы посвящены изучению микобиоты и микобиома. Механизмы, с помощью которых грибы взаимодействуют с другими компонентами микробиома и хозяина, остаются плохо охарактеризованными. Результаты научных исследований, которые проводятся с этой целью, нередко противоречивы, и возникают сложности при попытке сопоставить данные. Исследователи применяют разные методы получения материала, разные методы изучения его состава, обследуют разнородные группы больных (различные географические регионы, без первичного лечения, с лечением, разные стадии болезни и проч.), часто малой выборки. В настоящее время полноценное изучение микобиома возможно только при многогранном и междисциплинарном подходе. Чрезвычайно интересной областью изучения является функциональность различных видов грибов, включая то, как они взаимодействуют с другими эукариотами и прокариотами, присутствующими в различных локусах тела человека. Предстоит выяснить, что более важно, как эти взаимодействия влияют на нас.

Ключевые слова: 
микобиом
микробиом
микобиота
микробиота
бактериом
Для цитирования: 
Багирова Н.С., Дмитриева Н.В., Петухова И.Н., Григорьевская З.В., Терещенко И.В МИКОБИОТА КАК ЧАСТЬ МИКРОБИОТЫ: ОСОБЕННОСТИ МЕТОДОВ ИЗУЧЕНИЯ НА СОВРЕМЕННОМ ЭТАПЕ . Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии, 2019; (11): -https://doi.org/10.29296/25877313-2019-11-01

It appears your Web browser is not configured to display PDF files. Download adobe Acrobat или click here to download the PDF file.

Список литературы: 
  1. Methe´ B.A., Nelson K.E., Pop M., Creasy H.H., Giglio M.G., Huttenhower C. et al. (248 collaborators: https://www.ncbi.
  2. nlm.nih.gov/pubmed/22699610). Human Microbiome Project Consortium.). A framework for human microbiome research // Nature. 2012; 486, 7402: 215–221. doi:10.1038/nature11209.
  3. Gillevet P.M., Sikaroodi M., Torzilli A.P. Analyzing salt-marsh fungal diversity: comparing ARISA fingerprinting with clone sequencing and pyrosequencing // Fungal Ecol. 2009; 2, 4: 160–167. doi: 10.1016/j.funeco. 2009.04.001.
  4. Forbes J.D., Bernstein C.N., Tremlett H., Van Domselaar G., Knox N.C. A Fungal World: Could the Gut Mycobiome Be Involved in Neurological Disease? // Front. Microbiol. 2019; 9: 3249. doi: 10.3389/fmicb. 2018.03249.
  5. Hernández-Santos N., Klein B.S. Through the scope darkly: the gut mycobiome comes into focus // Cell Host. Microbe. 2017; 22, 6: 728–729. doi: 10.1016/j.chom.2017.11.013.
  6. Huseyin C.E., O’Toole P.W., Cotter P.D., Scanlan P.D. Forgotten fungi - the gut mycobiome in human health and disease // FEMS Microbiol. Rev. 2017; 41, 4: 479–511. doi: 10.1093/femsre/fuw047.
  7. Griffith G.W., Ozkose E., Theodorou M., Davies D.R. Diversity of anaerobic fungal populations in cattle revealed by selective enrichment culture using different carbon sources // Fungal Ecol. 2009; 2: 87–97. doi: 10.1016/j.funeco. 2009.01.005.
  8. Chen Y., Chen Z., Guo R., Chen N., Lu H., Huang S., Wang J., Li L. Correlation between gastrointestinal fungi and varying degrees of chronic hepatitis B virus infection // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2011; 70, 4: 492–498. doi: 10.1016/j.diagmicrobio. 2010.04.005.
  9. Hamad I., Sokhna C., Raoult D., Bittar F. Molecular detection of eukaryotes in a single human stool sample from Senegal // PLoS One. 2012; 7, 7: e40888. doi: 10.1371/journal.pone.0040888.
  10. Gouba N., Raoult D., Drancourt M. Plant and fungal diversity in gut microbiota as revealed by molecular and culture investigations // PLoS One 2013; 8, 3: e59474. doi:10.1371/journal.pone.0059474.
  11. Proal A.D., Albert P.J., Marshall T.G. Autoimmunity, and Vitamin D. CHAPTER 10 in «Infection and Autoimmunity», Second Edition. Edited by Yehuda Shoenfeld, Nancy Agmon-Levin, Noel R. Rose; p.163-182, Elsevier B.V, 2015. http://dx.doi.org/10.1016/B978-0-444-63269-2.00007-6.
  12. Hall R.A., Noverr M.C. Fungal interactions with the human host: exploring the spectrum of symbiosis // Curr. Opinion Microbiol. 2017; 40: 58–64. http://dx.doi.org/10.1016/j.mib. 2017.10.020.
  13. Толкачев О.Н., Яхонтова Л.Д., Романенко Е.А., Фирсова Г.А., Мазаева В.Г., Седакова Л.А. Результаты предварительного изучения противоопухолевой активности моноэфирных бисбензилизохинолиновых алкалоидов ряда магнолина-магноламина // В сб. «Химиотерапия опухолей в СССР». М.: ОНЦ АМН СССР. 1977. Вып. 23–24. С. 117–121.
  14. Бережинская В.В., Никитина С.С., Трутнева Е.А. Противовоспалительные свойства алкалоидов тетрандрина, циклеанина и даурицина // Лекарственные растения. Фармакология и химиотерапия. Труды ВИЛАР. М.: Колос. 1971. Т. 14. С. 43–58.
  15. Бережинская В.В., Никитина С.С. О противовоспалительном эффекте тетрандрина, и некоторых сторонах его механизме действия // Фармакология и токсикология. 1965. № 1. С. 77–81.
  16. Никитина С.С., Трутнева Е.А. К фармакологии алкалоида циклеанина // Фармакология и токсикология. 1967.
  17. Т. 30. № 3. С. 332–334.
  18. Kupchan S.M., Liepa A.J., Baxter R.L., Hintz H.P.J. New alkaloids and re-lated artifacts from Cyclea peltata // J. Org. Chem. 1973. V. 38. № 10. P. 1846–1852. (
  19. Kupchan S.M., Altland H.W. Tu-mor inhibitors. 89. Structural require-ments for tumor-inhibitory activity among bisbenzylisiquinoline alkaloids and related compounds // J. Medic. Chem. 1973. V. 16. № 8. P. 913–917.
  20. Tolkachev O.N., Yakhontova L.D., Romanenko E.A., Firsova G.A., Mazaeva V.G., Sedakova L.A., Sof’ina Z.P. The structure– antitumor activity of some bisbenzylisoquinoline alkaloids [Report, In: Consultation on Potentials for Use of Plants Indicated by Traditional Medicine in Cancer Therapy. WHO. Geneva. 13–17 November 1978. WP 7 (7 P.).
  21. Толкачев О.Н., Яхонтова Л.Д., Романенко Е.А., Фирсова Г.А., Мазаева В.Г., Седакова Л.А., Софьина З.П. Противоопухолевая активность некоторых бифункциональных алкалоидов и их производных // Тезисы докладов Всесоюз. науч. конф. «Синтез и изучение новых отечественных противолейкозных препаратов». Вильнюс. 1979. С. 81.
  22. Tolkachev O.N., Firsova G.A., Mazaeva V.G., Sedakova L.A., Roma-nenko E.A. Structure–Activity relation-ship study of the bisbenzylisoquinoline alkaloids // 9th NCI-EORT Symposium on New Drugs in Cancer Therapy. Am-sterdam, Netherland. March 12–15 1996 // In: «Drug design, synthesis, acquisi-tion and structure activity relation-ships». Downloaded from annonc. Ox-ford Journals Org. at State Public Li-brary for Science and Technology on May 29. 2010. P. 108.
  23. Дуплищева А.П., Синилова Н.Г., Толкачев О.Н., Яхонтова Л.Д. Изучение влияния некоторых алкалоидов на неспецифическую резистентность к инфекции // Сб. науч. трудов «Химия, технология, медицина». Материалы Междунар. конф., посвящ. 75-летию ВИЛАР. М. 27–29 июня 2006. Т. XVII. С. 106–109.
  24. Barot V.M.R., Chang-Jung-Iieh, Farnsworth N.R., Forbes A., Guerra F., Han-Jui, Marini-Bettolo G.B., Natori S., Olweny C.L.M., Tella A., Tolkachev O.N. (Rep.), The structure–antitumor activity of some bisbenzylisoquinoline alkaloids // In: «Consultations on Potentials for Use of Plants Indicated by Traditional Medicine in Cancer Therapy». World Health Organization. Can/TRM/79.1, Geneva. 13–17 November 1978. Р. 8 (20).
  25. Толкачев О.Н. Исследования в области 1-бензилизохинолиновых, бисбензилизохинолиновых и родственных алкалоидов: Автореф. дисс. … докт. хим. наук. М.: МИТХТ. 1982. 369 с. Автореферат диссертации, докт. хим. наук, Москва, МИТХТ. 1982. 50 с.
  26. Толкачев О.Н., Сыркин А.Б. Молекулярные основы противоопухолевой активности бифункциональных алкалоидов // Первый съезд онкологов стран СНГ. 3–6 декабря 1996. М. Часть 1. С. 60.
  27. Толкачев О.Н., Вичканова С.А., Макарова Л.В., Найдович Л.П. Зависимость туберкулостатической активности бисбензилизохинолиновых алкалоидов от их структуры // Фармация. 1978. Т. 27. № 2. С. 23–26.
  28. Mitscher L.A., Wu W.-N., Doskotch R.W., Janes J., Beal J.L. Antibiotics from higher plants. Thalictrum rugosum // J. Chem. Soc. Chem. Commun. 1971. № 11. P. 589–590.
  29. Mitscher L.A., Wu W.-N., Doskotch R.W., Janes J., Beal J.L. Antimicrobial agents from higher plants. II. Alkaloids from Thalictrum rugosum // Lloidia. 1972. V. 35. № 2. P. 167–176.
  30. Zuguang Ye, Knox Van Dyke, An-timalarial activity of various bisbenzyli-soquinoline and aporphine-benzylisoquinoline alkaloids and their structure-activity relationships against chloroquine–sensitive and resistant Plasmodium falciparum Malaria in vitro // Malaria Control & Elimination. 2015. V. 5.
  31. № 1. P. 1–7.
  32. Ye Z. & Dyke K.V. Antimalarial ac-tivity of various bisbenzylisoquinoline and aporphine alkaloids and their struc-ture-activity relationships against chlorochine sensitive and resistant plasmodium falciparum malaria in vitro // Malaria Contr. Elimination. 2015.V. 4. P. 137–147.
  33. Толкачев О.Н. Природные диариловые эфиры // Химия природных соединений. 1981. № 3. С. 263–283.
  34. Вичканова С.А., Толкачев О.Н., Адгина В.В., Изосимова С.В., Горюнова Л.В., Шипулина Л.Д. Взаимосвязь между структурой и антимикробной активностью замещенных ω-нитростиролов // Фармакология и токсикология. 1975. Т. 38. № 1. С. 71–77.
  35. Рубинчик М.А., Толкачев О.Н. Изучение антипротозойной активности соединений ряда дифениловых эфиров и некоторых нитростиролов // Медицинская паразитология и паразитарные болезни. 1976. Т. 45. № 5. С. 531–536.
  36. Вичканова С.А., Толкачев О.Н., Макарова Л.В., Цизин Ю.С. Структура и противотуберкулезная активность некоторых дифениловых эфиров // Фармакология и токсикология. 1974. Т. 37, № 6. С. 711–715.
  37. Туманян М.А., Дуплищева А.П., Синилова Н.Г., Кирилличева Г.Б., Соловьева М.С., Толкачев О.Н. Иммуностимулирующее средство (глауцина гидрохлорид) // Патент
  38. № 2032403 (РФ), 10.04.1995 по заявке № 4669907/14, приор. 30.03.1989. Бюл. № 10.