Нажмите на эту строку чтобы перейти к Новостям сайта "Русский врач"

Перейти
на сайт
журнала
"Врач"
Перейти на сайт журнала "Медицинская сестра"
Перейти на сайт журнала "Фармация"
Перейти на сайт журнала "Молекулярная медицина"
Перейти на сайт журнала "Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии"
Журнал включен в российские и международные библиотечные и реферативные базы данных

ВАК (Россия)
РИНЦ (Россия)
Эко-Вектор (Россия)

ВЫЯВЛЕНИЕ РНК SARS-COV2 С ПОМОЩЬЮ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ ПЕТЛЕВОЙ АМПЛИФИКАЦИИ С ОБРАТНОЙ ТРАНСКРИПЦИЕЙ МЕТОДОМ АНАЛИЗА КРИВЫХ ПЛАВЛЕНИЯ

DOI: https://doi.org/10.29296/25877313-2020-12-01
Скачать статью в PDF
Номер журнала: 
12
Год издания: 
2020

И.П. Оскорбин к.б.н., мл. науч. сотрудник, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск) Г.Ю. Шевелёв к.х.н., зав. лабораторией, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск) E-mail: osc.igor@gmail.com К.А. Проняева лаборант, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск) А.А. Степанов к.м.н., зав. лабораторией, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск) Д.В. Пышный д.х.н., чл.-корр. РАН, директор института, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск) М.Л. Филипенко к.б.н, зав. лабораторией, Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН (г. Новосибирск)

Актуальность. В связи с продолжающейся пандемией COVID-19, вызванной коронавирусом SARS-CoV2, существует острая потребность в диа-гностических тестах для выявления РНК вируса SARS-CoV2. Наиболее широко используемый метод ОТ-ПЦР позволяет получить результаты те-стирования в течение 1,52 часов. Вместе с тем в связи с нехваткой пропускной способности диагностических лабораторий представляется не-обходимой разработка более быстрых методов тестирования. Цель исследования. Создание метода выявления РНК коронавируса SARS-CoV2 с помощью мультиплексной изотермической петлевой ампли-фикации (LAMP) с обратной транскрипцией посредством анализа кривых плавления. Материал и методы. В качестве стандартных образцов использовали сконструированную плазмиду с фрагментом генома SARS-CoV2 и фага MS2, фрагменты геномной РНК SARS-CoV2 и фага MS2. Клинические образцы (назофарингеальные мазки), получали от пациентов ЦНМТ ИХБФМ СО РАН; РНК выделяли с помощью набора «РИБО-преп» ЦНИИ Эпидемиологии (Москва, Россия). LAMP проводили в амплификаторе CFX96 (Bio-Rad; США). Аналитические характеристики LAMP определяли с помощью разведений стандартных образцов. Клиническую чувствительность и специ-фичность мультиплексной LAMP оценивали, проводя тестирование клинических образцов одновременно LAMP и ОТ-ПЦР. Результаты. Подобраны праймеры и оптимизированы условия для проводения детекции с помощью LAMP участков РНК SARS-CoV2 и фага MS2, который служил внутренним контролем выделения РНК и амплификации. Мультиплексирование было основано на анализе кривых плавления продуктов амплификации. Предел чувствительности мультиплескной LAMP составил 20 молекул РНК SARS-CoV2 на реакцию. Конкордантность ре-зультатов тестирования 40 клинических образцов сравнительно с ОТ-ПЦР в реальном времени составила 92%. Выводы. Разработан метод для выявления РНК коронавируса SARS-CoV2 на основе мультиплексной изотермической петлевой амплификации. Метод, основанный на мультиплексной LAMP, может быть использован как альтернатива ПЦР в диагностической практике для экономии машин-ного времени и времени персонала.
Ключевые слова: 
SARS-CoV2
коронавирус
изотермическая петлевая амплификация
LAMP
мультиплексная амплификация
Для цитирования: 
Оскорбин И.П., Шевелёв Г.Ю., Проняева К.А., Степанов А.А., Пышный Д.В., Филипенко М.Л. ВЫЯВЛЕНИЕ РНК SARS-COV2 С ПОМОЩЬЮ МУЛЬТИПЛЕКСНОЙ ИЗОТЕРМИЧЕСКОЙ ПЕТЛЕВОЙ АМПЛИФИКАЦИИ С ОБРАТНОЙ ТРАНСКРИПЦИЕЙ МЕТОДОМ АНАЛИЗА КРИВЫХ ПЛАВЛЕНИЯ . Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии, 2020; (12): -https://doi.org/10.29296/25877313-2020-12-01

It appears your Web browser is not configured to display PDF files. Download adobe Acrobat или click here to download the PDF file.

Список литературы: 
  1. Notomi T., Okayama H., Masubuchi H. et al. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 2000; 28(12): E63.
  2. Yongkiettrakul S., Kampeera J., Chareanchim W. et al. Simple detection of single nucleotide polymorphism in Plasmodium falciparum by SNP-LAMP assay combined with lateral flow dipstick. Parasitol. Int. 2017; 66(1): 964–971.
  3. Global Tuberculosis Programme. The use of loop-mediated isothermal amplification (TB-LAMP) for the diagnosis of pulmonary tuberculosis : policy guidance. 38 p.
  4. Guo X.G., Zhou Y.Z., Li Q. et al. Rapid and reliable diagnostic method to detect Zika virus by real-time fluorescence reverse transcription loop-mediated isothermal amplification. AMB Express. Springer Verlag. 2018; 8(1).
  5. Poon L.L.M., Leung C.S., Chan K.H., et al. Detection of human influenza A viruses by loop-mediated isothermal amplification. J. Clin. Microbiol. 2005; 43(1): 427–430. Park G.S., Ku K., Baek S.H. et al. Development of Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Assays Targeting Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). J. Mol. Diagnostics. Elsevier B.V. 2020; 22(6): 729–735.
  6. Kitagawa Y., Orihara Y., Kawamura R. et al. Evaluation of rapid diagnosis of novel coronavirus disease (COVID-19) using loop-mediated isothermal amplification. J. Clin. Virol. Elsevier B.V. 2020; 129.
  7. Dong J., Xu Q., Li Ch. et al. Single-color multiplexing by the integration of high-resolution melting pattern recognition with loop-mediated isothermal amplification. Chem. Commun. Royal Society of Chemistry. 2019; 55(17): 2457–2460.
  8. Xu G., Gunson R.N., Cooper J.M., Reboud J. Rapid ultrasonic isothermal amplification of DNA with multiplexed melting analysis-applications in the clinical diagnosis of sexually transmitted diseases. Chem. Commun. Royal Society of Chemistry. 2015; 51(13):2589–2592.
  9. Corman V., Landt O., Kaiser M. et al. Diagnostic detection of Wuhan coronavirus 2019 by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020; 25(3): 2000045. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045.