Нажмите на эту строку чтобы перейти к Новостям сайта "Русский врач"

Перейти
на сайт
журнала
"Врач"
Перейти на сайт журнала "Медицинская сестра"
Перейти на сайт журнала "Фармация"
Перейти на сайт журнала "Молекулярная медицина"
Перейти на сайт журнала "Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии"
Журнал включен в российские и международные библиотечные и реферативные базы данных

ВАК (Россия)
РИНЦ (Россия)
Эко-Вектор (Россия)

КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ФЛАВОНОИДОВ С АДЕНОЗИНОВЫМИ РЕЦЕПТОРАМИ

DOI: https://doi.org/10.29296/25877313-2019-01-06
Скачать статью в PDF
Номер журнала: 
1
Год издания: 
2019

Г.Ф. Куракин студент, лечебный факультет, ФГБОУ ВО Тверской ГМУ Минздрава России E-mail: phyzyk@mail.ru Н.П. Лопина к.х.н., доцент, кафедра химии, ФГБОУ ВО Тверской ГМУ Минздрава России Г.Е. Бордина к.б.н., доцент, кафедра химии, ФГБОУ ВО Тверской ГМУ Минздрава России

Разработана рецептор-обоснованная модель связывания флавоноидов с аденозиновыми рецепторами. Показано, что в полученной модели свя-зывание флавоноидов с аденозиновыми рецепторами аналогично связыванию ксантиновых антагонистов. Селективность флавоноидов к опреде-лённым подтипам рецепторов предположительно объясняется формой гидрофобных карманов. Полученная модель может быть использована для дизайна новых антагонистов аденозиновых рецепторов и как отправная точка при моделировании связывания с данными рецепторами других веществ растительного происхождения.
Ключевые слова: 
флавоноиды
аденозиновые рецепторы
компьютерное моделирование
рецептор-обоснованная модель
Для цитирования: 
Куракин Г.Ф., Лопина Н.П., Бордина Г.Е. КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ФЛАВОНОИДОВ С АДЕНОЗИНОВЫМИ РЕЦЕПТОРАМИ . Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии, 2019; (1): -https://doi.org/10.29296/25877313-2019-01-06

It appears your Web browser is not configured to display PDF files. Download adobe Acrobat или click here to download the PDF file.

Список литературы: 
  1. Panche A.N., Diwan A.D., Chandra S.R. Flavonoids: an overview // Journal of Nutritional Science. 2016; 5.
  2. Kim H.P., Son K.H., Chang H.W., Kang, S.S. Anti-inflammatory plant flavonoids and cellular action mechanisms // Journal of Pharmacological Sciences. 2004; 96 (3): 229–245.
  3. Ren W. Qiao Z., Wang H., Zhu L., Zhang L. Flavonoids: promising anticancer agents // Medicinal Research Reviews. 2003; 23 (4): 519–534.
  4. Jacobson K.A., Moro S., Manthey J.A., West P.L., Ji X.D. Interactions of flavones and other phytochemicals with adenosine receptors // Flavonoids in Cell Function / Ed. B.S. Buslig, J.A. Manthey Boston: Springer, 2002; P. 163–171.
  5. Moro S., van Rhee A.M., Sanders L.H., Jacobson K.A. Flavonoid derivatives as adenosine receptor antagonists: a comparison of the hypothetical receptor binding site based on a comparative molecular field analysis model //Journal of Medicinal Chemistry. 1998; 41 (1): 46–52.
  6. Alexander S.P. H. Flavonoids as antagonists at A1 adenosine receptors // Phytotherapy Research: An international journal devoted to pharmacological and toxicological evaluation of natural product derivatives. 2006; 20 (11): 1009–1012.
  7. Karton Y., Jiang J.L., Ji X.D., Melman N., Olah M.E., Stiles G.L., Jacobson K.A. Synthesis and biological activities of flavonoid derivatives as A3 adenosine receptor antagonists // Journal of Medicinal Chemistry. 1996; 39 (12): 2293–2301.
  8. Sachdeva S., Gupta M. Adenosine and its receptors as therapeutic targets: an overview // Saudi Pharmaceutical Journal. 2013; 21 (3): 245–253.
  9. Schingnitz G., Küfner-Mühl U., Ensinger H., Lehr E., Kuhn F. J. Selective A1-antagonists for treatment of cognitive deficits // Nucleosides & Nucleotides. 1991; 10 (5): 1067–1076.
  10. Almerico A.M., Tutone M., Pantano L., Lauria A. A3 adenosine receptor: Homology modeling and 3D-QSAR studies // Journal of Molecular Graphics and Modelling. 2013; 42: 60–72.
  11. Berman H.M., Westbrook J., Feng Z., Gilliland G., Bhat T.N., Weissig H., Shindyalov I.N., Bourne, P.E. The Protein Data Bank // Nucleic Acids Research. 2000; 28 (1): 235–242.
  12. Draper-Joyce C.J., Khoshouei M., Thal D. M. et al. Structure of the adenosine-bound human adenosine A1 receptor–Gi complex // Nature. 2018; 558 (7711): 559–563.
  13. Lebon G., Warne T., Edwards P.C., Bennett K., Langmead C.J., Leslie A.G., Tate C.G. Agonist-bound adenosine A2a receptor structures reveal common features of GPCR activation // Nature. 2011; 474 (7352): 521–525.
  14. Jarmolinska A.I., Kadlof M., Dabrowski-Tumanski P., Sulkowska J.I. GapRepairer – a server to model a structural gap and validate it using topological analysis // Bioinformatics. 2018; 1: 8.
  15. Kim S., Thiessen P.A., Bolton E.E. et al. PubChem Substance and Compound databases // Nucleic Acids Res. 2016. V. 44. Database issue. P. D1202–D1213.
  16. Irwin J.J., Sterling T., Mysinger M.M., Bolstad E.S., Coleman R.G. ZINC: a free tool to discover chemistry for biology // Journal of Chemical Information and modeling. 2012; 52 (7): 1757–1768.
  17. Harding S.D., Sharman J.L., Faccenda E. et al. The IUPHAR/BPS Guide to PHARMACOLOGY in 2018: updates and expansion to encompass the new guide to IMMUNOPHARMACOLOGY // Nucleic Acids Research. 2018; 46 (D1): D1091–D1106.
  18. Waterhouse A., Bertoni M., Bienert S., Studer G., Tauriello G., Gumienny R., Heer F.T., de Beer T.A.P., Rempfer C., Bordoli L., Lepore R., Schwede T. SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes // Nucleic Acids Research. 2018; 46 (W1): W296–W303.
  19. Guex N., Peitsch M. C., Schwede T. Automated comparative protein structure modeling with SWISS‐MODEL and Swiss‐PdbViewer: A historical perspective // Electrophoresis. 2009; 30 (S1): S162–S173.
  20. The UniProt Consortium. UniProt: the universal protein knowledgebase // Nucleic Acids Research. 2017; 45 (D1): D158–D169.
  21. Salvatore C.A., Jacobson M.A., Taylor H.E., Linden J., Johnson R.G. Molecular cloning and characterization of the human A3 adenosine receptor // Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993; 90 (21): 10365–10369.
  22. Lee G.R., Seok C. Galaxy7TM: flexible GPCR–ligand docking by structure refinement // Nucleic Acids Research. 2016; 44 (W1): W502–W506.
  23. Stierand K., Maaß P.C., Rarey M. Molecular complexes at a glance: automated generation of two-dimensional complex diagrams // Bioinformatics. 2006; 22 (14): 1710–1716.
  24. Stierand K., Rarey M. Drawing the PDB: protein−ligand complexes in two dimensions // ACS Medicinal Chemistry Letters. 2010; 1 (9): 540–545.
  25. Jiménez Luna J., Skalic M., Martinez-Rosell G. et al. KDEEP: Protein-ligand absolute binding affinity prediction via 3D-convolutional neural networks // Journal of Chemical Information and Modeling. 2018; 58 (2): 287–296.
  26. Ashkenazy H., Abadi S., Martz E., Chay O., Mayrose I., Pupko T., Ben-Tal N. ConSurf 2016: an improved methodology to estimate and visualize evolutionary conservation in macromolecules // Nucleic Acids Research. 2016; 44 (W1): W344–W350.
  27. Doré A.S., Robertson N., Errey J. C. et al. Structure of the adenosine A2A receptor in complex with ZM241385 and the xanthines XAC and caffeine // Structure. 2011;19 (9) :1283–1293.
  28. Jaakola V.P., Griffith M.T., Hanson M.A. et al. The 2.6 angstrom crystal structure of a human A2A adenosine receptor bound to an antagonist // Science. 2008; 322 (5905): 1211–1217.